Rumah Wakaf berdiri sejak 24 April 2009 dan disahkan sebagai Lembaga Wakaf Nasional pada tahun 2010. Selanjutnya, pada tahun 2014, Rumah Wakaf telah terdaftar sebagi Lembaga Pengelolaan Wakaf Tunai yang izinnya diterbitkan oleh Badan Wakaf Indonesia (BWI) sebagai regulator pengelolaan wakaf di Indonesia.
Selama empat belas tahun berdiri, transformasi dilakukan untuk menciptakan beragam peluang dan menghadirkan kolaborasi dengan berbagai pihak. Di tahun 2017, transformasi pertama dihadirkan dengan semangat baru dalam mengalirkan kebaikan sepanjang masa. Perubahan logo awal dari warna emas ke orange dengan logo hati. Gambar hati menggambarkan kasih sayang, rasa cinta serta kebahagiaan. Hal ini memberi kesan bahwa Rumah Wakaf akan selalu berusaha untuk menebar kebahagiaan kepada masyarakat dan penerima manfaat. Warna orange memberi kesan hangat, bersemangat, dan simbol dari petualangan, optimisme, percaya diri dan kemampuan dalam bersosialisasi.
Pada tahun 2019, Gelombang Wakaf hadir sebagai gerakan untuk meningkatkan literasi dan kolaborasi dalam optimalisasi wakaf. Gerakan ini merupakan sebuah respon dari data yang dikeluarkan oleh BWI (Badan Wakaf Indonesia), yang menyebutkan bahwa di tahun 2018 potensi wakaf uang di Indonesia mencapai Rp180 Triliun, sedangkan wakaf uang yang baru dimanfaatkan baru mencapai Rp400 Milyar. Kolaborasi bersama stakeholder dan berbagai pihak dapat melahirkan upaya gerakan Gelombang Wakaf ke seluruh Nusantara. Dalam hal ini, Rumah Wakaf menjadi lembaga yang menjadi jembatan kebaikan implementasi program-program wakaf dari amanah para muwakif.
Di tahun 2023, transformasi ketiga diluncurkan dengan perubahan logo menjadi lebih dinamis dan modern. Logo terbaru mengandung makna mengalirnya amal jariyah, kebaikan yang tak lekang oleh waktu, sesuai hadits Rasulullah SAW yang diriwayatkan oleh Muslim, “Jika seseorang meninggal dunia, maka terputuslah amalannya kecuali tiga perkara yaitu: sedekah jariyah (wakaf), ilmu yang bermanfaat, atau do’a anak yang sholeh.” Transformasi ini menggambarkan semangat Rumah Wakaf sebagai lembaga yang profesional, akuntabel, transparan, dan produktif dalam mengelola wakaf.
Rumah Wakaf terus mengembangkan dan melakukan inovasi dalam pengelolaan wakaf di Indonesia. Beberapa program wakaf yang digulirkan di antaranya Wakaf Kebun Produktif, Wakaf Produktif Sekolah, Wakaf Produktif Klinik, Wakaf Sumber Air, Wakaf Masjid, Wakaf Madrasah, Wakaf Al Quran Braille, Wakaf Infrastruktur, dan masih banyak lagi.
Hasil keuntungan dari program Wakaf Produktif disalurkan ke dalam beberapa program mauquf alaih antara lain program Desa Quran, beasiswa penghafal Quran, sarana pendidikan, sarana kebersihan, sarana kesehatan, sekolah gratis, klinik gratis, dan sarana ibadah masjid.
Laporan keuangan Rumah Wakaf pada tahun 2021 kembali meraih predikat opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP). Tercatat 8 kali berturut-turut sejak tahun 2014 Rumah Wakaf mendapatkan opini tertinggi di bidang audit keuangan.